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约翰福音第三章
三1～8
皈依有如从上头生
耶稣向尼哥底母解释，与神的关系不能只建立在宗教知识和种族出身上，必须藉 * 圣灵，人才能出生在神的家中。约翰常将水的洗礼与圣灵作对比（三5；参四7～26的注释）。
三1 这段时期，耶路撒冷有一位极有名望的财主名叫尼哥底母，不过我们无法肯定约翰所讲的人就是他。约翰福音的尼哥底母是位受过高深教育的「官」，或犹太人当中的领袖，他必定相当富有。
三2 夜间前来，可能是怕人看见，也可能因为犹太教师在白天工作，到晚上才能作研究（参：诗一一九148；后者应当不是尼哥底母的情形，因为他并不需要工作，1节）。约翰提到这个细节，因为可以配合光与暗的主题（十一10，十三30），以作为这个故事的框架（三19～21）。
三3～4 耶稣讲「从上头」生，是指一项事实，这句话的意思便是「从神」生（「上头」是犹太人对神的避讳说法）。这一词也可以解作「重生」（如和合本），尼哥底母便是按字面如此理解。（古代的作者，包括旧约的作者在内，常喜欢用文字游戏，如：耶一11～12；弥一10～15；约翰亦用一些双关语。他们有时也会用某些角色的愚拙，来衬托出 * 故事主要发言人的智慧。）犹太教师讲，* 外邦人皈依犹太教就像开始了新生活，有如「新生婴孩」一般（正像罗马法的规定，领养的儿子必须放弃他在原来家庭中的一切法定地位，才能成为新家中的一员），因此尼哥底母应当了解耶稣是在讲皈依；但是他万万没想到，连犹太人也必须皈依以色列的真信仰。
三5 皈依犹太教的人，要接受 * 洗礼，除去 * 外邦的污秽，这时他们便成为「新生的孩子」。因此，「从水生的」一语是向尼哥底母澄清，「从上头生」乃是指皈依，不是指肉身第二次的出生。
三章5节的希腊文可以解为「水和 * 圣灵」，也可以解为「水，即圣灵」。以西结书三十六24～27以水作象征，表明圣灵的洁净（参：尤其在* 死海古卷中），因此这里耶稣的意思可以指「由圣灵改变」（参七37～39）──指灵性的 * 皈依之洗礼。犹太教师称皈依犹太教的人为「新生者」，只是指他们在法律上与从前的关系一刀两断，然而惟有借着圣灵的重生，人才能得到一颗新心（结三十六26）。
三6～7 从圣灵而生的「灵」，可能是指以西结书三十六26的「新灵」。
三8 「风的响声」可以译为「圣灵的声音」（双关语，见三3～4的注释）。风无法预测，也无法掌握（见：传八8；参：传一6、8、14、17，二11、17、26，四4、6、16，六9）。在以西结书三十七章里，圣灵的表记是风，因此有些犹太诠释者将它与创世记二7相连（参：约二十22）。
三9～21
从上头带来启示者
耶稣是「智慧」道成肉身（见一1～18的注释），惟独祂有资格将神启示出来，并使世人与神和好。
三9～10 尼哥底母的鲁钝，更衬托出耶稣是启示者。这类主题在古代文学中的用法，参马可福音导论中对马可信息的探讨。
三11～13 惟有亲眼见过天的人，才能为天作见证。犹太文学中可以找到类似约翰福音三11～13的说法，但是最接近的，乃是讲到神的智慧由神而降之文字，这智能设法向人启示天（神）的道路。耶稣可能是拿犹太人的一个传统作对比，该传统说，摩西所上的不是西乃山，他乃是去到天上，领受神的律法；但如今智慧／神的话／ * 律法已经从天而降，显在肉身中（参一14～18的注释）。
三14～15 「举起来」又是双关语（三3～4）：耶稣回到天上是经由十字架，像摩西所举的蛇一般被「举起来」，能带来医治（民二十一4～9；「举起」，参：约十二32～33的注释）。
三16～18 由希腊文的动词时态来看，这里的意思是：「神对世界的爱乃是（过去式）如此：祂赐下了祂的儿子。」「独生子」字面为「特别的、宝爱的」，在犹太文学里常用来指艾萨克，强调亚伯拉罕献艾萨克是何等大的牺牲。「* 永生」字面为「来世的生命」；约翰用现在式（「拥有」），暗示凡相信耶稣的人，在现世就能开始体验那种生命。
尽管古代的犹太文学提到神爱人类，并强调神对以色列有特别的爱，但没有一样可以与这里的牺牲相比，尤其没有「为世人」的想法，在约翰福音里，这个词一般是指尚未遵行神旨意的人。* 旧约亦强调神的爱无可比拟（如：出三十四6～7；申七7～8；士十16；赛六十三9；何十一1～4、8～11；参：赛十六11；耶四十八36）。
三19～21 古代典籍（尤其是 * 死海古卷）常将光与暗、善与恶作对比，正如约翰在此的写法。当时的读者都能了解约翰的意思。用同一点开始并结束，作* 故事的框架（三2），乃是古代文学的笔法。
三22～36
见证人与儿子
三22～24 约翰的 * 洗礼，请参：马可福音一4～5的注释。在约但河以外的地方，水并不多，因此在巡回工作的时候，耶稣的 * 门徒（四2）可能并非到处给人施洗；不过，仪式用的浸池在巴勒斯坦倒是到处都有。
三25～26 有关犹太人洁净的礼仪，参二章6节和十一章55节的注释。这个主题贯穿整卷福音书：洁净的规矩（二6）、* 皈依者的洗礼（三5），或许雅各布的井也可算在内（四章），还有毕士大的医治之水（五章）、圣殿节西罗亚池的水（七37～38，九7），亦可能包括十三章5～11节和十九章34节。
三27～28 按犹太律法，代表可以行使差遣者的权柄，但只限于所差的使命范围之内；真正的权柄永远来自差遣者。
三29～30 「新郎的朋友」是指犹太人 shoshbin 的习俗，与今天婚礼中的伴郎类似。犹太人婚礼最注重的，就是欢乐。
三31 来自天上的那位，与其他来自地上的人不同，在犹太人的情境中，这自然指神的智慧（参一1～18的注释）。
三32～33 有名望的人，印戒上有特殊的记号，在文件外面的蜡尚热的时候，他们会盖上印，以证明他们见证该文件当予执行。
三34 许多人认为，* 圣灵在以色列已经销声匿迹，直到以色列复兴的时候才会再现，也有许多人认为，只有少数人配得到圣灵，因此，指称某人能无限量地赐下圣灵，便意谓他比所有的人都伟大（人最多能达到的地步，是无限量地领受圣灵）。
三35～36 父授权给子，并按人对子的回应来审判，从犹太文学的角度看，这种说法再度刻画出「子」高过常人；参三章31节。——《圣经背景注释》