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1 “为基督耶稣被囚的”。更可作：为基督耶稣作囚犯的；即为祂的缘故，为了事奉祂。
2 “亚腓亚”可能是腓利门的妻子，“亚基布”大概是他的儿子。关于家庭教会，参看哥林多前书十六章19节、歌罗西书四章15节和罗马书十六章5节的脚注。
6 “同有的”即分享的。
7 “心”。原文作：心肠，是最深处的感情。
8～10 “合宜的事”。也可作：必需的事。保罗可以利用他的使徒权柄来“吩咐”腓利门。可是，保罗却凭自己的爱心、年纪和被囚的状况来劝他，他只是恳求腓利门（10节）。“阿尼西母”这名字的意思是“有用的，有益处的”。
11 阿尼西母偷走的行为与他的名字不相配。因为他已经得救了，所以能把名字的意义实践出来。
12 “我心上的人”即我自己的心（在第20节也一样）。
13 “替你”。保罗若把阿尼西母留在罗马，他便可以代替腓利门伺候保罗。这里使用的希腊文介词（h u p e r）清楚地解作“代替”，如在谈及基督之死的经文一样（林后五21；彼前三18）。
14 “你的善行”。即腓利门决定把阿尼西母送回保罗那里伺候他的善行。
15 “或者”。提出一个看法，就是阿尼西母的潜逃也许有神更深层的目的。
16 “亲爱的兄弟”。对阿尼西母来说不是法律上的解放，而是实际上的解放，因为腓利门改变了他对这个奴隶的态度，因为这奴隶那时候也是在基督里的弟兄了。
18 “归在我的账上”。这希腊短语在罗马书五章13节译作“算〔为〕”。似乎阿尼西母对腓利门的伤害，除了因奴隶逃走而造成的损失之外，还有金钱上的损失。保罗要求腓利门把阿尼西母所欠的债归在保罗的账上，并且“收纳他，如同收纳我一样”（17节），这就美妙地阐明我们的罪如何归在基督身上。在救恩中，神收纳我们是看在祂儿子的分上（林后五21）。
19 “亲笔写的”。保罗要为他在第18节所作的承诺签署。“连你自己也是亏欠于我”。腓利门显然是在保罗传道的时候悔改归主的。
22 “必蒙恩到你们那里去”。保罗预期自己不久便可以获释（参看腓一25,26）。
24 在保罗第二次囚禁的时候，底马离开了他（提后四10）。 —— 《雷历研读本圣经》